Allondans est une commune rurale, car elle fait partie des communes peu ou très peu denses, au sens de la grille communale de densité de l'Insee<ref group=Note>Selon le zonage des communes rurales et urbaines publié en novembre 2020, en application de la nouvelle définition de la ruralité validée le Modèle:Date- en comité interministériel des ruralités.</ref>,<ref>Modèle:Lien web.</ref>,<ref>Modèle:Lien web.</ref>,<ref>Modèle:Lien web.</ref>.
L'occupation des sols de la commune, telle qu'elle ressort de la base de donnéeseuropéenne d’occupation biophysique des sols Corine Land Cover (CLC), est marquée par l'importance des forêts et milieux semi-naturels (60,2 % en 2018), une proportion identique à celle de 1990 (60,2 %). La répartition détaillée en 2018 est la suivante :
forêts (60,2 %), terres arables (26,5 %), zones urbanisées (5,2 %), zones agricoles hétérogènes (4,9 %), prairies (3,2 %)<ref name="CLC">Modèle:Lien web</ref>. L'évolution de l’occupation des sols de la commune et de ses infrastructures peut être observée sur les différentes représentations cartographiques du territoire : la carte de Cassini (Modèle:S mini- siècleModèle:Vérification siècle), la carte d'état-major (1820-1866) et les cartes ou photos aériennes de l'IGN pour la période actuelle (1950 à aujourd'hui)<ref group=Carte>Modèle:Lien web.</ref>.
<ref>Modèle:Ouvrage.</ref> Le village est mentionné pour la première fois en 1196, sous le nom d'Ad Ludens.
À cette date, l'église collégiale de Saint-Maimboeuf possède des biens sur leur territoire, et le fief est tenu par Pierre de Montbéliard, vassal du comte du même nom.
En 1431, les habitants sont affranchis de la mainmorte par la comtesse Henriette de Montfaucon.
À la suite de la réforme introduite en 1541, Allondans est annexé à la grande paroisse de Saint-Julien.
Le village subit des ravages du passage des Guises en 1587,puis la Peste et la famine qui suivent la guerre de Trente Ans.
La commune est annexée à la France en 1793, et elle change quatre fois de département.
Elle est finalement intégrée dans le Doubs, et fait partie de l'éphémère canton de Désandans, avant d'être rattachée à celui de Montbéliard.