Ne réussissant pas à vaincre l’armée coloniale française, il va, après l’échec du siège du fort de Médine en juillet 1857, déplacer ses efforts vers l’est en attaquant les royaumes bambaras. Conquérant Ségou le Modèle:Date, il en fait la capitale de son empire, en laissant la gestion un an plus tard à son fils Ahmadou Tall pour partir conquérir Hamdallaye, capitale de l’Empire peul du Macina. Il se réfugie à Deguembéré, près de Bandiagara. En 1864, il disparaît mystérieusement dans l’explosion de ses réserves de poudre.
Son neveu Tidiani Tall prend sa succession et installe la capitale de l’empire toucouleur à Bandiagara.
À Ségou, Ahmadou Tall continue de régner mais entre en conflit avec ses frères. En 1890, les Français entrent à Ségou en s’alliant avec les Bambaras. Ahmadou est obligé de s’enfuir à Sokoto, dans le nord du Nigeria et l'empire toucouleur disparaît.