Fluorochrome

{{#ifeq:||Un article de Ziki, l'encyclopédie libre.|Une page de Ziki, l'encyclopédie libre.}}

Un fluorochrome ou fluorophore est une substance chimique capable d'émettre de la lumière de fluorescence après excitation. Ce sont des substances composées de plusieurs noyaux aromatiques conjugués ou encore des molécules planes et cycliques qui possèdent une ou plusieurs liaisons π.

Applications

L'utilisation de fluorochromes en biologie moléculaire est un peu plus récente que celle d'isotopes radioactifs. Elle a l'avantage de donner des résultats très rapidement, voire immédiatement, en s'affranchissant des longs temps d'exposition requis pour la technique par radioactivité. La fluorescence a le désavantage de ne pas être permanente, l'intensité de la fluorescence diminuant avec le temps jusqu'à devenir indétectable.

On utilise divers fluorochromes en fonction des applications. Leur emploi à la technique du séquençage a permis d'automatiser et de mettre au point les séquenceurs de gènes modernes, ayant servi aux projets de séquençage de génomes entiers. On doit utiliser quatre fluorochromes différents pour discriminer les quatre bases de l'acide désoxyribonucléique.

L'utilisation de la fluorescence en couplage avec une machine à PCR (thermocycleur) est un développement récent. On appelle ces machines « appareil de PCR en temps réel ». Le fluorochrome le plus utilisé est le Sybr-green.

Les fluorochromes sont utilisés dans plusieurs marquages immunologiques : cytométrie en flux, immunofluorescence. Les plus utilisés sont la phycoérythrine (PE), Fluorescéine isothiocyanate (FITC), la gamme d'Alexa Fluor, la Protéine fluorescente verte (green fluorescent protein, GFP).

Liste de fluorophores

Fluorophores conjugués

fluorophore λexcitation
(nm) 		λémission
(nm) 		PM Notes Numéro CAS
Hydroxycoumarin 325 386 331 Succinimidyl ester Modèle:CAS
Aminocoumarin 350 445 330 Succinimidyl ester Modèle:CAS
Methoxycoumarin 360 410 317 Succinimidyl ester Modèle:CAS
Cascade Blue (375) ; 401 423 596 Hydrazide Modèle:CAS
Pacific Blue 403 455 406 Maleimide Modèle:CAS
Pacific Orange 403 551 Modèle:CAS
Lucifer yellow 425 528 Modèle:CAS
NBD 466 539 294 NBD-X Modèle:CAS
R-Phycoerythrin (PE) 480 ; 565 578 240 k Modèle:CAS
PE-Cy5 conjugates 480 ; 565 ; 650 670 aka Cychrome, R670, Tri-Color, Quantum Red Modèle:CAS
PE-Cy7 conjugates 480 ; 565 ; 743 767 Modèle:CAS
Red 613 480 ; 565 613 PE-Texas Red Modèle:CAS
PerCP 490 675 Peridinin chlorphyll protein Modèle:CAS
TruRed 490, 675 695 PerCP-Cy5.5 conjugate Modèle:CAS
FluorX 494 520 587 (GE Healthcare) Modèle:CAS
Fluorescéine 495 519 389 FITC ; pH sensitive Modèle:CAS
BODIPY-FL 503 512 Modèle:CAS
TRITC 547 572 444 TRITC Modèle:CAS
X-Rhodamine 570 576 548 XRITC Modèle:CAS
Lissamine Rhodamine B 570 590 Modèle:CAS
Texas Red 589 615 625 Sulfonyl chloride Modèle:CAS
Allophycocyanin (APC) 650 660 104 k Modèle:CAS, Modèle:CAS
APC-Cy7 conjugates 650 ; 755 767 PharRed Modèle:CAS

Alexa Fluor dyes (lié à un anticorps)<ref>(Molecular Probes).</ref>

fluorophore λexcitation
(nm) 		λémission
(nm) 		PM Quencher Numéro CAS
Alexa Fluor 350 343 442 410 Modèle:CAS
Alexa Fluor 405 401 421 1028 Modèle:CAS
Alexa Fluor 430 434 540 702 Modèle:CAS
Alexa Fluor 488 499 519 643 QY 0.92 Modèle:CAS
Alexa Fluor 500 503 525 700 Modèle:CAS
Alexa Fluor 514 517 542 714 Modèle:CAS
Alexa Fluor 532 530 555 724 QY 0.61 Modèle:CAS
Alexa Fluor 546 561 572 1079 QY 0.79 Modèle:CAS
Alexa Fluor 555 553 568 1250 QY 0.1 Modèle:CAS
Alexa Fluor 568 579 603 792 QY 0.69 Modèle:CAS
Alexa Fluor 594 591 618 820 QY 0.66 Modèle:CAS
Alexa Fluor 610 610 629 1285 Modèle:CAS
Alexa Fluor 633 632 648 1200 Modèle:CAS
Alexa Fluor 647 652 668 1300 QY 0.33 Modèle:CAS
Alexa Fluor 660 663 691 1100 Modèle:CAS
Alexa Fluor 680 680 702 1150 Modèle:CAS
Alexa Fluor 700 696 719 1400 Modèle:CAS
Alexa Fluor 750 752 776 1300 Modèle:CAS
Alexa Fluor 790 782 804 1750 Modèle:CAS

Cy Dyes<ref>(GE Heathcare).</ref>

fluorophore λexcitation
(nm) 		λémission
(nm) 		PM Quencher
Cy2 489 506 714 QY 0.12
Cy3 (512) ; 550 570 ; (615) 767 QY 0.15
Cy3B 558 572 ; (620) 658 QY 0.67
Cy3.5 581 594 ; (640) 1102 QY 0.15
Cy5 (625) ; 650 670 792 QY 0.28
Cy5.5 675 694 1128 QY 0.23
Cy7 743 767 818 QY 0.28

Marqueurs des acides nucléiques

fluorophore λexcitation
(nm) 		λémission
(nm) 		PM Notes Numéro CAS
Hoechst 33342 343 483 616 AT-selective Modèle:CAS
DAPI 345 455 AT-selective Modèle:CAS
Hoechst 33258 345 478 624 AT-selective Modèle:CAS
SYTOX Blue 431 480 ~400 DNA Modèle:CAS
Chromomycin A3 445 575 CG-selective Modèle:CAS
Mithramycin 445 575 Modèle:CAS
YOYO-1 491 509 1271 Modèle:CAS
Bromure d'éthidium 493 620 394 Modèle:CAS
Acridine Orange 503 530/640 DNA/RNA Modèle:CAS
SYTOX Green 504 523 ~600 DNA Modèle:CAS
TOTO-1, TO-PRO-1 509 533 Vital stain, TOTO : Cyanine dimère Modèle:CAS
TO-PRO : Cyanine monomère Modèle:CAS
Thiazole Orange 510 530 Modèle:CAS
Iodure de propidium 536 617 668.4 Modèle:CAS
LDS 751 543 ; 590 712 ; 607 472 DNA (543ex/712em), RNA (590ex/607em) Modèle:CAS
7-AAD 546 647 7-aminoactinomycin D, CG-selective Modèle:CAS
SYTOX Orange 547 570 ~500 DNA Modèle:CAS
TOTO-3, TO-PRO-3 642 661 Modèle:CAS
DRAQ5 647 681, 697 413 (Biostatus) (usable excitation down to 488) Modèle:CAS

Marqueurs de fonctions cellulaires

fluorophore λexcitation
(nm) 		λémission
(nm) 		PM Notes Numéro CAS
Indo-1 361/330 490/405 1010 AM ester. Low/High Ca++, Modèle:CAS
Fluo-3 506 526 855 AM ester. pH > 6 Modèle:CAS
DCFH 505 535 529 2'7'Dichorodihydrofluorescein, oxidized form Modèle:CAS
DHR 505 534 346 Dihydrorhodamine 123, oxidized form, light catalyzes oxidation Modèle:CAS
SNARF 548/579 587/635 pH 6/9 Modèle:CAS

Protéines fluorescentes

fluorophore λexcitation
(nm) 		λémission
(nm) 		PM QY BR PS Notes Numéro CAS
Y66H 360 442 Modèle:CAS
Y66F 360 508 Modèle:CAS
EBFP 380 440 0.18 0.27 monomère Modèle:CAS
EBFP2 383 448 20 monomère Modèle:CAS
Azurite 383 447 15 monomère Modèle:CAS
GFPuv 385 508 Modèle:CAS
T-Sapphire 399 511 0.60 26 25 weak dimère Modèle:CAS
Cerulean 433 475 0.62 27 36 weak dimère Modèle:CAS
mCFP 433 475 0.40 13 64 monomère Modèle:CAS
ECFP 434 477 0.15 3 Modèle:CAS
CyPet 435 477 0.51 18 59 weak dimère Modèle:CAS
Y66W 436 485 Modèle:CAS
mKeima-Red 440 620 0.24 3 monomère (MBL) Modèle:CAS
TagCFP 458 480 29 dimère (Evrogen) Modèle:CAS
AmCyan1 458 489 0.75 29 tetramère ; (Clontech) Modèle:CAS
mTFP1 462 492 54 dimère Modèle:CAS
S65A 471 504 Modèle:CAS
Midoriishi Cyan 472 495 0.9 25 dimère (MBL) Modèle:CAS
Wild Type GFP 396, 475 508 26k 0.77 Modèle:CAS
S65C 479 507 Modèle:CAS
TurboGFP 482 502 26 k 0.53 37 dimère ; (Evrogen) Modèle:CAS
TagGFP 482 505 34 monomère (Evrogen) Modèle:CAS
S65L 484 510 Modèle:CAS
Emerald 487 509 0.68 39 0.69 weak dimère ; (Invitrogen) Modèle:CAS
S65T 488 511 Modèle:CAS
EGFP 488 507 26 k 0.60 34 174 weak dimère ; (Clontech) Modèle:CAS
Azami Green 492 505 0.74 41 monomère (MBL) Modèle:CAS
ZsGreen1 493 505 105 k 0.91 40 tetramère; (Clontech) Modèle:CAS
TagYFP 508 524 47 monomère (Evrogen) Modèle:CAS
EYFP 514 527 26k 0.61 51 60 weak dimère ; (Clontech) Modèle:CAS
Topaz 514 527 57 monomère Modèle:CAS
Venus 515 528 0.57 53 15 weak dimère Modèle:CAS
mCitrine 516 529 0.76 59 49 monomère Modèle:CAS
YPet 517 530 0.77 80 49 weak dimère Modèle:CAS
TurboYFP 525 538 26 k 0.53 1.65 dimère ; (Evrogen) Modèle:CAS
ZsYellow1 529 539 0.65 13 tetramère ; (Clontech) Modèle:CAS
Kusabira Orange 548 559 0.60 31 monomère (MBL) Modèle:CAS
mOrange 548 562 0.69 49 9 monomère Modèle:CAS
mKO 548 559 0.60 31 122 monomère Modèle:CAS
TurboRFP 553 574 26 k 0.67 62 dimère ; (Evrogen) Modèle:CAS
tdTomato 554 581 0.69 95 98 tandem dimère Modèle:CAS
TagRFP 555 584 50 monomère (Evrogen) Modèle:CAS
DsRed monomère 556 586 ~28 k 0.1 3.5 16 monomère ; (Clontech) Modèle:CAS
DsRed2 (« RFP ») 563 582 ~110 k 0.55 24 (Clontech) Modèle:CAS
mStrawberry 574 596 0.29 26 15 monomère Modèle:CAS
TurboFP602 574 602 26 k 0.35 26 dimère; (Evrogen) Modèle:CAS
AsRed2 576 592 ~110 k 0.21 13 tetramère ; (Clontech) Modèle:CAS
mRFP1 584 607 ~30 k 0.25 monomère ; (Tsien lab) Modèle:CAS
J-Red 584 610 0.20 8.8 13 dimère Modèle:CAS
mCherry 587 610 0.22 16 96 monomère Modèle:CAS
HcRed1 588 618 ~52 k 0.03 0.6 dimère ; (Clontech) Modèle:CAS
Katusha 588 635 23 dimère Modèle:CAS
mKate (TagFP635) 588 635 15 monomère (Evrogen) Modèle:CAS
TurboFP635 588 635 26 k 0.34 22 dimère ; (Evrogen) Modèle:CAS
mPlum 590 649 0.10 4.1 53 Modèle:CAS
mRaspberry 598 625 0.15 13 monomère ; faster photobleach than mPlum Modèle:CAS

Notes et références

<references />

Voir aussi

Modèle:Palette Fluorophores Modèle:Portail

Récupérée de « https://wiki.trucsazeb.re:443/index.php?title=Fluorochrome&oldid=165808 »