Il doit quitter la ville du fait de l'intolérance religieuse et se réfugie à Ingolstadt en 1526 où il obtient la chaire de médecine<ref name="iastate">Modèle:Lien web.</ref>, qu'il garde deux ans puis il devient le médecin du margraveGeorges de Brandebourg à Ansbach<ref name=":0" />.
Il écrit plus de 500 livres et pamphlets, et s’oppose aux théories des médecins et philosophes arabes. Ses textes concernant l’anatomie de l’œil et ses maladies constituent une référence pour l’époque<ref name=":0" />.
Fuchs est appelé à Tübingen par le duc Ulrich VI de Wurtemberg en 1533 pour participer à la réforme de l'université dans l'esprit de l'humanisme et il est nommé professeur de médecine de cette université<ref name=":0" />. C'est là qu'il fonde le premier jardin botanique allemand.
Il est aussi traducteur, commentateur et éditeur des travaux du médecin grec Claude Galien<ref name=":0" />.
Fuchs enseigne la médecine à l'université de Tübingen pendant trente et un ans, de 1535 à 1566<ref>Fiche, idref.fr.</ref>, année de sa mort.
Fuchs est influencé par les auteurs grecs et romains, en particulier Dioscoride, Hippocrate et Galien. Mais dans ses ouvrages, il s'intéresse d'abord à la flore allemande et décrit plus de 400 espèces de son pays dans De historia stirpium commentarii (1542, Bâle), dont une trentaine qui n'ont qu'un intérêt ornemental et ne sont donc pas illustrées pour leurs utilisations dans la pharmacopée. Les illustrations (les dessins sont d'Modèle:Lien et les gravures de Veit Rudolph Speckle) sont au moins aussi précises que celles d'Otto Brunfels. Elles seront d'ailleurs reprises régulièrement par les auteurs ultérieurs. Cette flore décrit également un millier d'espèces étrangères. Quant au vocabulaire, il est largement inspiré de Jean Ruel<ref>Edward Lee Greene écrit que Fuchs a Modèle:Citation le vocabulaire de Ruel : Landmarks of botanical history, Modèle:Nobr, Modèle:P., Modèle:Nobr.</ref>.
Dans sa préface, il regrette l'ignorance de la botanique même chez les médecins. Mais, s'il n'hésite pas à critiquer les auteurs classiques, il ne tente pas d'élaborer de classification et il range les plantes suivant un ordre alphabétique. Il utilise un système binomial sans pour autant le systématiser comme le fera Linné. Ainsi, chaque chapitre présente un genre et est subdivisé en plusieurs parties qui traitent successivement des différents noms qui ont été attribués à la plante, des différentes espèces qui composent ce genre, des différences morphologiques entre ces espèces, des milieux où on les trouve, de leurs diverses propriétés attribuées par les auteurs anciens et, pour finir, des fonctions thérapeutiques en usage à son époque.
L'utilisation du genre et de l'espèce
Les critères qu'utilise Fuchs pour délimiter les espèces se fondent non sur les organes de reproduction ou de fructification, mais sur l'apparence générale des fleurs, voire sur leur odeur, leur couleur, la grandeur des feuilles… Il faut aussi noter l'importance de la partie consacrée à la synonymie. Celle-ci va augmenter graduellement au cours du développement de la botanique, marquant l'essor de cette science. À tel point que les herbiers qui paraissent sont d'abord des ouvrages de synonymie avant d'être des ouvrages de botanique descriptive.
Eyn Newes hochnutzlichs Büchlin/und Anothomi eynes auffgethonen augs/auch seiner erklärung bewerten purgation/Pflaster/Tollirien/Sälblin pulvern unnd wassern/wie mans machen und brauchen sol, 1539<ref>Planche de ce livre illustrant l'anatomie de l’œil.</ref>
Klaus Dobat et Werner Dressendorfer (dir.), Leonhart Fuchs : The New Herbal of 1543, Taschen, 2001
Frederick Meyer, Emily W. Emmart Trueblood et John Heller (dir.), The great herbal of Leonhart Fuchs : De Historia Stirpium Commentarii Insignes, 1542 : Vol 1 & 2, Stanford University Press, 1999, Modèle:Nb p.Modèle:Isbn
{{#invoke:Langue|indicationDeLangue}} William Richard LeFanu, « A volume associated with Leonhart Fuchs », dans J. Hist. Med. Allied Sci., Modèle:Vol., Modèle:P., 1956
Modèle:Pdf Ariane Lepilliet. Le De Historia Stirpium de Leonhart Fuchs. Histoire d'un succès éditorial (1542-1560). Mémoire de Master ENSSIB, Lyon, 212, 110 pages : lire en ligne.
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