Arabidopsis thaliana

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L’Arabette des dames ou Arabette de Thalius (Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.) est une espèce de plantes appartenant à la famille des Brassicacées. Elle est souvent considérée comme une « mauvaise herbe » poussant au bord des routes. Cette petite plante annuelle, originaire d'Europe, d'Asie et du nord-ouest de l'Afrique, a un cycle de vie rapide (six semaines de graine à graines), elle est résistante et peut s'autoféconder. A. thaliana a un génome relativement petit d'environ 135 millions de paires de bases (Mbp). Ces qualités en ont fait depuis 1998 un organisme modèle de référence, pour la recherche aussi bien biologique que génétique.

Dénominations

  • Nom scientifique valide : Arabidopsis thaliana (L.) Heynh.Modèle:Bioref,
  • Noms vulgaires (vulgarisation scientifique) recommandés ou typiques en français : Arabette des dames<ref name="telaB">Arabidopsis thaliana ethnobotanique sur le site de Téla Botanica, consulté le 18 avril 2018.</ref>,<ref name = "cirad">Meyer C., ed. sc., 2015, Dictionnaire des Sciences Animales. Modèle:Lire en ligne. Montpellier, France, Cirad. [12/05/2015].</ref>,<ref name = "termium"> Nom en français d’après Termium plus, la banque de données terminologiques et linguistiques du gouvernement du Canada</ref>,<ref name = "inpn">Nom en français d'après l'Inventaire National du Patrimoine Naturel, sur le site Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN)</ref>,<ref name="vascan">Nom en français d'après la fiche de cette espèce dans Brouillet et al. 2010+. VASCAN (Base de données des plantes vasculaires du Canada) de Canadensys.</ref>, Arabette de Thalius<ref name="telaB"/>,<ref name = "cirad"/>,<ref name = "termium"/>,<ref name = "inpn"/>,<ref name="vascan"/>, plus rarement Arabidopsis de Thalius qui est la transcription littérale du nom latin<ref name="telaB"/>,
  • Autres noms vulgaires ou noms vernaculaires (langage courant) pouvant désigner éventuellement d'autres espèces : fausse arabette<ref name="telaB"/>,<ref name = "cirad"/>,<ref name = "termium"/> ou fausse-arabette des dames<ref name = "termium"/>,<ref name="vascan"/>, arabette rameuse<ref name="telaB"/>,<ref name = "cirad"/> et plus simplement arabette<ref name = "cirad"/>.

Description

Caractéristiques générales

  • A. thaliana est une plante annuelle (rarement bisannuelle).
  • Appareil végétatif :
    • Feuilles : en rosette de feuilles velues entourant la tige
    • Tige : peu feuillée, terminée par de petites grappes de fleurs
  • Organes reproducteurs :
  • Graine :
    • Fruit : silique fine, allongée, contenant de minuscules graines.
    • Mode de dissémination : anémochore
  • Habitat et répartition :
    • Habitat type : annuelles pionnières des clairières, lisières et éboulis européens
    • Aire de répartition : cosmopolite

données d'après : Julve, Ph., 1998 ff. - Baseflor. Index botanique, écologique et chorologique de la flore de France. Version : 23 avril 2004.

Habitat, morphologie et cycle

Fichier:Arabidopsis thaliana distribution.svg
Répartition géographique d'Arabidopsis thaliana.
En vert, zones d'où elle provient, en bleu, zones où elle s'est acclimatée.

Arabidopsis thaliana est une plante annuelle originaire d'Europe, d'Asie et du nord-ouest de l’Afrique<ref name=fnwe>Flora of NW Europe: Arabidopsis thaliana</ref>,<ref name=blamey>Blamey, M. & Grey-Wilson, C. (1989). Flora of Britain and Northern Europe. Modèle:ISBN.</ref>. Elle a été introduite en Amérique du Nord, en Australie, en Argentine, etc.<ref name="Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. | Plants of the World Online | Kew Science">Modèle:Lien web</ref>

Elle pousse surtout dans des sols rocailleux, dans des dunes de sable et des sols calcaires. Elle est particulièrement courante comme mauvaise herbe dans les jardins et les trottoirs<ref name="Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. | Plants of the World Online | Kew Science" /> .

D’une taille de Modèle:Unité de hauteur, ses feuilles sont vertes ou légèrement violacées et forment une rosette à sa base. Les feuilles sont couvertes de petits poils unicellulaires (appelés trichomes). Ses fleurs blanches de Modèle:Unité de diamètre sont disposées en corymbe, et formeront des siliques contenant en moyenne cinquante graines. Le cycle complet d’Arabidopsis thaliana est d’environ six semaines, la tige centrale, qui produit des fleurs et des siliques, se développe après environ trois semaines.

Utilisation comme un organisme modèle

À partir du début du Modèle:S mini- siècleModèle:Vérification siècle, Arabidopsis thaliana a commencé à être utilisée à des fins de recherches et les premières collections de mutants furent produites à partir de 1948. Cependant Arabidopsis thaliana n’a été désignée comme organisme modèle qu'en 1998<ref>Fink G (1998). Anatomy of a Revolution. Genetics 149: 473–477.</ref>. À l’heure actuelle A. thaliana est un organisme de référence aussi bien pour la recherche végétale que pour l’évolution, la génétique ou encore la recherche fondamentale<ref>Coelho SM, Peters AF, Charrier B, et al (2007). Complex life cycles of multicellular eukaryotes: new approaches based on the use of model organisms. Gene 406 (1-2): 152–70. doi:10.1016/j.gene.2007.07.025. Modèle:PMID</ref>. C'est la première plante qui a eu son génome séquencé en entier<ref name="Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. | Plants of the World Online | Kew Science" /> car elle a un génome relativement petit, d'environ 135 paires de mégabase (Mbp)<ref name="TAIR - Genome Assembly">Modèle:Lien web</ref>.

Arabidopsis thaliana a été très importante dans la formulation influente du Modèle:Lien d'Enrico Coen et Modèle:Lien dans la revue Nature en 1991<ref name="Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. | Plants of the World Online | Kew Science" />,<ref>Modèle:Article</ref>.

Sa petite taille, son cycle de vie rapide de six semaines (de graine à graines), sa résistance et sa capacité à s’autoféconder sont des atouts pour son utilisation en recherche, notamment dans le domaine de la génétique.

Autres utilisations

Arabidopsis thaliana était utilisée dans la médecine indienne traditionnelle pour guérir l'asthme, les maux de gorges et de poitrine<ref>Modèle:Lien web</ref>.

Elle a été utile aussi pour la recherche spatiale, notamment elle a été la première plante à faire son cycle de vie complet — de la germination des graines à la floraison jusqu'à la mise en graine — dans l'espace à bord de la station spatiale Mir en 1997.

Elle a aussi servi à la station spatiale internationale pour déterminer les gènes activés ou régulés par la gravité. Selon la NASA cela pourrait avoir des applications pratiques pour l'agriculture.

Génome nucléaire

Le génome d’Arabidopsis thaliana, relativement petit (Modèle:Unité de paires de base réparties sur cinq paires de chromosomes)<ref name="b">Bennett MD, Leitch IJ, Price HJ and Johnston JS. 2003. Comparisons with Caenorhabditis (~100 Mb) and Drosophila (~ 175 Mb) using flow cytometry show genome size in Arabidopsis to be ~157 Mb and thus ~25 % larger than the Arabidopsis Genome Initiative estimate of ~125 MB. Annals of Botany, 91: 547-557.</ref>. En comparaison, certaines plantes possèdent un génome beaucoup plus important comme c'est le cas du blé ou Triticum qui possède Modèle:Unité de paires de bases<ref>Modèle:Lien web</ref>. En raison de sa petite taille et au fait qu'il est diploïde <ref>Modèle:Article</ref> rend la plante utile pour la cartographie et le séquençage génétique. Le génome est composé de cinq chromosomes et une taille totale de 135 mégabase<ref name="TAIR - Genome Assembly" />. En 2000, le génome d'Arabidopsis thaliana a été le premier génome de plante à être totalement séquencé<ref name=a>Modèle:Article</ref>. Le projet The 1001 Genomes Project a été lancé en 2008 et a permis le séquençage du génome de Modèle:Unité d’Arabidopsis thaliana isolées à travers le monde afin d’en décrypter la variabilité génétique. Il a été estimé que chez Arabidopsis thaliana, une mutation apparaît pour Modèle:Nombre de paires de bases environ à chaque génération. Ainsi, chaque graine de cette plante compte en moyenne une modification du génome par rapport à la graine qui lui a donné naissance<ref>S. Ossowski, K. Schneeberger, J.I. Lucas-Lledo, N. Warthmann, R.M. Clark, R.G. Shaw, D. Weigel, M. Lynch, The Rate and Molecular Spectrum of Spontaneous Mutations in Arabidopsis thaliana, Science 327, janvier 2010, 92–94, doi: 10.1126/science.1180677</ref>,<ref>M. Lynch, Evolution of the mutation rate, Trends in Genetic, Août 2010, 26(8):345-52, doi:10.1016/j.tig.2010.05.003</ref>. Aujourd'hui, le nombre de gènes connus chez A. thaliana est de l'ordre de Modèle:Unité<ref>Modèle:Article</ref>,<ref>The Arabidopsis Information Resource (TAIR): gene structure and function annotation</ref>.

Arabidopsis thaliana a la possibilité d’être transformée en routine à l'aide d'Agrobacterium tumefaciens, permettant le transfert d’ADN (ADN-T) dans le génome de la plante<ref>Zhang X, Henriques R, Lin SS, Niu QW, Chua NH (2006). "Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis thaliana using the floral dip method". Nat Protoc 1 (2): 641–6. doi:10.1038/nprot.2006.97. Modèle:PMID</ref> qui en s’intégrant aléatoirement vont permettre l’inactivation de gènes et la création de mutations à des fins de recherches. Cette technique de transformation a permis de générer plusieurs collections de mutants d’insertions aléatoires, contenant plus de 300 000 lignées transgéniques indépendantes.

L’ensemble des ressources concernant Arabidopsis thaliana (séquences, lignées, graines, expression des gènes, etc.), sont compilées par The Arabidopsis Information Resource et le Modèle:Lien. En laboratoire, Arabidopsis thaliana peut être cultivé en boîte de Petri ou en pot.

Génome plastidial

Fichier:Plastomap of Arabidopsis thaliana.svg
Carte du génome chloroplastique d'Arabidopsis thaliana<ref name="NCBI_NC_000932"/>,<ref name="Sato1999">Modèle:Article</ref>. Les introns sont figurés en gris. Certains gènes possèdent des portions en 5′ et en 3′. Les gènes des brins 1 et 2 sont respectivement transcrits dans les sens horaire et anté-horaire. Le cercle le plus interne fournit les bornes des grandes et petites régions non répétées (LSC et SSC, en violet). Ces dernières sont séparées par une paire de séquences répétées inversées (IRa et IRb, en noir).

Le plastome d'Arabidopsis thaliana est une molécule d'ADN longue de 154,478 paires de bases<ref name="NCBI_NC_000932">Modèle:Lien web</ref>, c'est-à-dire une taille qui se rencontre habituellement chez la plupart des plantes à fleurs (cf. liste des plastomes séquencés). Cet ADN chloroplastique comprend 136 gènes qui codent de petites protéines ribosomiques (rps, en jaune : cf. figure), de grandes protéines ribosomiques (rpl, orange), des cadres de lecture ouverts hypothétiques (ycf, citron), des proteins impliquées dans les réactions photosynthétiques (en vert) ou dans d'autres fonctions (en rouge), des ARN ribosomiques (rrn, en bleu), et des ARN de transfert (trn, en noir)<ref name="Sato1999" />.

Intérêt scientifique

Fichier:Tolmukapea.jpg
Anthère d'Arabidopsis thaliana

Cette plante est un organisme modèle pour la recherche génétique dans le monde végétal. En 2000, ce fut le premier génome végétal séquencé<ref name=a/>. Les raisons de ce choix sont nombreuses :

  • petite taille ; en laboratoire, on peut cultiver un millier de pieds sur un mètre carré ;
  • cycle de développement court, le cycle graine → plante → graine ne dure que deux mois ;
  • un plant produit environ Modèle:Unité ;
  • c'est un des plus petits génomes connus dans le monde végétal. Sa taille a initialement été estimée à 125 millions de paires de bases, réparties sur cinq paires de chromosomes contenant 33 323 gènes, dont 27 206 codant des protéines<ref>Modèle:Lien web.</ref> ; mais une étude datée de 2003<ref name=b/> montre que la quantité d'ADN a été sous-estimée et qu'elle serait en réalité de Modèle:Unité par noyau cellulaire, soit environ 157 millions de paires de bases<ref>Un picogramme équivaut à environ 978 millions de paires de bases, d'après Doležel, J., J. Bartoš, H. Voglmayr, and J. Greilhuber. 2003. Nuclear DNA content and genome size of trout and human. Cytometry 51A: 127-128.</ref>.
  • absence d'intérêts économiques sur cette espèce, ce qui facilite la diffusion des informations entre laboratoires.

Des recherches sont actuellement en cours pour permettre la détection de mines anti-personnel grâce à des graines d'Arabidopsis qui, après modification génétique, changeraient de couleur en cas de culture au-dessus d'une mine, ce qui en faciliterait la détection et l'élimination<ref>La plante qui détecte les mines.</ref>,<ref>Nathaniel Herzberg, La souris, reine contestée des labos dans Le Monde du 18 février 2015, Suppl. Sciences et Médecine, Modèle:P.</ref>.

On a montré qu'une protéine (histone H2A.Z) est impliquée chez cette plante dans la détection de faibles variations de température (quelques degrés Celsius). Cette protéine modifie l’enroulement de l’ADN sur lui-même et contrôle ainsi l’accès à l’ADN de certaines molécules inhibant ou activant la transcription de plusieurs dizaines de gènes. Cet effet « bio-thermostat » semble fréquent dans la nature, car également détecté chez la levure<ref>S.V. Kumar et P.A. Wigge, H2A.Z-containing nucleosomes mediate the thermosensory response in Arabidopsis, Cell, vol. 140, p. 136-147, 2010.</ref>,<ref>Brève du journal Pour la Science (par Jean-Jacques Perrier, 2010/01/25).</ref>. Ceci devrait aider à mieux comprendre certains effets (sur les gènes) des variations climatiques.

Entre 2007 et 2009, des graines furent exposées au vide de l’espace plus d'un an dans le module Modèle:Lien de la Station spatiale internationale et survécurent<ref>{{#invoke:Langue|indicationDeLangue}}Modèle:Lien web</ref>.

En 2014, une nouvelle étude sur cette plante a révélé qu'elle était capable de percevoir son environnement et d'interagir avec celui-ci<ref>Modèle:Article</ref>.

En 2022, des scientifiques  sont parvenus, lors d’une expérience s’inscrivant dans le programme d'analyse d'échantillons de nouvelle génération d'Apollo de la NASA, à  faire germer des graines d’Arabidopsis thaliana en utilisant comme milieu de croissance des échantillons de régolithe lunaire collectés lors des missions spatiales Apollo 11, 12 et 17, ainsi que le simulateur de régolithe lunaire JSC-1A fabriqué à partir de cendres volcaniques. Le développement de ces plantes sur les échantillons lunaires était lent et la plupart d’entre elles montraient des signes de stress similaires à ceux observés en situations terrestres dues à des sels, métaux ou à des espèces réactives de l'oxygène<ref>Modèle:Article</ref>.

Cette expérience, réalisée en laboratoire non stérile et sous atmosphère terrestre simulant un environnement qui pourrait ressembler à un habitat lunaire occupé par l’humain, a pu démontrer qu’il est possible de faire pousser des plantes sur un sol extraterrestre bien qu’il ne soit pas idéal.

Notes et références

Modèle:Références

Liens externes

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