Pyélonéphrite aiguë
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La pyélonéphrite aiguë (PNA, du grec πυελος, « bassin », et νεφριτις, « maladie des reins ») est une infection urinaire d'origine majoritairement bactérienne touchant le parenchyme d'un des reins et le bassinet sous-jacent. Le plus souvent, le germe en cause atteint ce site anatomique en remontant les voies urinaires ; la principale bactérie responsable est Escherichia coli. La femme adulte est plus à risque que l'homme. Les signes cliniques associent typiquement des signes urinaires discrets, une fièvre, une douleur sur un des côtés du bas du dos, et parfois des troubles digestifs. L'examen des urines au microscope retrouve des globules blancs et des bactéries en quantité significative. Un examen d'imagerie comme une échographie rénale est parfois proposé.
Le traitement est à adapter en fonction de la présence, d'une part, de signes de gravité tels qu'une baisse de la pression artérielle et, d'autre part, de facteurs de risque de complication tels qu'une grossesse en cours chez la femme. Le traitement antibiotique initial est probabiliste et repose le plus souvent sur une céphalosporine de troisième génération (C3G) ou une fluoroquinolone. En cas de signe de gravité, l'hospitalisation s'impose et un antibiotique de type aminoside doit être ajouté. En cas d'obstacle à l'écoulement des urines visualisé sur l'examen d'imagerie, un drainage chirurgical est indiqué en urgence. Le traitement antibiotique est adapté secondairement en fonction des résultats de l'examen des urines pour une durée totale de 10 à 14 jours.
La terminologie infection urinaire haute, plus ancienne, est synonyme.
Physiopathologie
Chacun des deux reins sécrète l'urine au niveau de son bassinet ; l'urine s'écoule ensuite dans un uretère pour rejoindre la vessie où elle est stockée. La vidange de la vessie a lieu au cours de la miction, lorsque l'urine est excrétée par l'urètre. Ce système d'écoulement permanent permet de lutter contre une éventuelle colonisation par des bactéries<ref name=afssaps2008>Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, Recommandations de bonne pratique : Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires chez l'adulte, 2008, Modèle:Pdf Texte court et Modèle:Pdf Argumentaire</ref>. Il existe également des mécanismes impliquant des molécules antibactériennes et des cellules immunitaires<ref name=afssaps2008/>. La majorité de l'arbre urinaire est donc stérile, à l'exception de la partie inférieure de l'urètre, colonisée par la flore du périnée<ref name=ecnp2014>Collège des universitaires de maladies infectieuses et tropicales, ECN.Pilly, 2014, Modèle:Pdf Item n° 93 : Infections urinaires, pages 117-122</ref>. Celle-ci provient à la fois du tube digestif (entérobactéries, streptocoques, anaérobies), de la peau (staphylocoques, corynébactéries) et de l'appareil génital (lactobacilles, chez la femme)<ref name=afssaps2008/>.
Il est important de distinguer les pyélonéphrites d'origine communautaire des pyélonéphrites liées aux soins, qui impliquent des mécanismes et une épidémiologie bactérienne différents. L'infection urinaire communautaire se fait principalement par voie ascendante à partir de la flore périnéale<ref name=ecnp2014/>. Exceptionnellement, l'infection se fait par voie sanguine, secondairement à une bactériémie à staphylocoque ou à une candidémie par exemple<ref name=ecnp2014/>. L'infection urinaire liée aux soins est principalement associée à la présence d'un sondage vésical<ref name=ecnp2014/>. En son absence, l'infection a lieu par voie ascendante classique<ref name=spilf2002>Société de pathologie infectieuse de langue française, Association française d'urologie, Infections urinaires nosocomiales de l'adulte, 2002, Modèle:Pdf Texte court et Modèle:Pdf Argumentaire</ref>.
La capacité d'induire une infection est variable d'un germe à l'autre, selon sa virulence, c'est-à-dire la capacité à vaincre les mécanismes de défense de l'hôte<ref name=afssaps2008/>. Les espèces bactériennes dites uropathogènes possèdent ainsi de nombreux mécanismes pour adhérer aux tissus de l'organisme et les envahir<ref name=afssaps2008/>. Dans le cas des pyélonéphrites communautaires, le germe le plus souvent rencontré est Escherichia coli, dans 85 à 90 % des cas<ref name=ecnp2014/>. Les autres germes rencontrés sont essentiellement d'autres entérobactéries, notamment du genre Proteus et Klebsiella<ref name=afssaps2008/>. Dans le cas des pyélonéphrites liées aux soins, Escherichia coli est également prépondérant mais n'est pas majoritaire, et d'autres germes appartenant aux genres bactériens Pseudomonas et Enterococcus, ou au genre fongique Candida sont retrouvés<ref name=spilf2002/>.
Concernant le spectre de résistance aux antibiotiques de la bactérie Escherichia coli, il est variable selon des facteurs géographiques et individuels, notamment l'exposition antérieure aux antibiotiques<ref name=spilf2014>Société de pathologie infectieuse de langue française, Mise au point : Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires de l'adulte, 2014, Modèle:Pdf Texte court et Modèle:Pdf Argumentaire</ref>. Cette bactérie est naturellement sensible à de nombreux antibiotiques : les pénicillines A, les céphalosporines, les carbapénèmes, les quinolones, les aminosides, la fosfomycine, la nitrofurantoïne et le cotrimoxazole<ref name=spilf2014/>. Il existe cependant un certain pourcentage de résistance acquise qui est variable en fonction des molécules<ref name=spilf2014/>. Cette fréquence est globalement en augmentation avec notamment l'apparition de bactéries dites « productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) » qui sont des bactéries multirésistantes<ref name=spilf2014/>.
Épidémiologie
L'Escherichia coli est le germe responsable dans neuf cas sur dix<ref name="Johnson 2018"/> chez la femme jeune.
Les principaux facteurs de risque de survenue d'une pyélonéphrite communautaire sont le sexe féminin, la grossesse, l'activité sexuelle (fréquence des rapports, nouveau partenaire ou utilisation de spermicide<ref name="Scholes 2005">Scholes D, Hooton TM, Roberts PL, Gupta K, Stapleton AE, Stamm WE, Risk factors associated with acute pyelonephritis in healthy women, Ann Intern Med, 2005;142:20-27</ref>), les troubles du comportement mictionnel (mictions rares, retenues, incomplètes), le diabète non équilibré ou compliqué d'une neuropathie vésicale, et toute anomalie organique ou fonctionnelle de l'arbre urinaire<ref name=afssaps2008/>. Chez l'enfant, la pyélonéphrite est plus fréquente chez les garçons à un âge inférieur à 3 mois<ref name=afssaps2007>Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires du nourrisson et de l'enfant, 2007, Modèle:Pdf Texte court et Modèle:Pdf Argumentaire</ref>. Dans le cadre des infections liées aux soins, le sondage vésical est un facteur de risque d'infection, notamment en cas de sondage maintenu pour une durée supérieure à 6 jours ou en cas de sexe féminin<ref name=spilf2002/>. Une pyélonéphrite ne complique une infection urinaire basse que dans moins de 4 % des cas<ref name="Johnson 2018">Modèle:Article</ref>.
Il faut également distinguer les facteurs qui permettent d'individualiser les pyélonéphrites dites « simples » des pyélonéphrites dites « à risque de complication » (anciennement appelées « compliquées »)<ref name=spilf2014/>. Ces dernières sont plus à risque d'aggravation et impliquent des modalités de traitement différentes par rapport aux pyélonéphrites simples<ref name=spilf2014/>. Ces facteurs sont : la présence d'une anomalie organique ou fonctionnelle de l'arbre urinaire (résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, acte récent...), le sexe masculin, la grossesse, l'âge supérieur à 75 ans ou supérieur à 65 ans avec au moins 3 critères de fragilité (critères de Fried : perte de poids, vitesse de marche lente, endurance faible, faiblesse ou fatigue, activité physique réduite), l'immunodépression grave (traitement immunomodulateur, cirrhose...), et l'insuffisance rénale chronique avec une clairance inférieure à 30 mL/min<ref name=spilf2014/>. Le diabète était auparavant considéré comme facteur de risque de complication, cependant il n'apparaît pas comme facteur de pronostic défavorable<ref name=spilf2014/>. Chez l'enfant, les facteurs de risque d'aggravation sont l'âge inférieur à 3 mois, l'existence d'une uropathie sous-jacente ou d'une immunodépression<ref name=afssaps2007/>.
Enfin, dans certaines situations, la prise en compte des facteurs de risque d'infection à entérobactérie productrice de bêta-lactamase à spectre étendu peut être prise en compte. Ces facteurs sont essentiellement : un antécédent de colonisation digestive ou urinaire, une antibiothérapie par bêta-lactamine avec inhibiteur, céphalosporine de deuxième ou troisième génération ou fluoroquinolone dans les 12 derniers mois, voyage récent en zone d'endémie, hospitalisation dans les 3 derniers mois, vie en structure de long séjour et présence d'une sonde vésicale à demeure<ref name=spilf2014/>.
Le coût estimé annuel de sa prise en charge est estimé, aux États-Unis à plus de 2 milliards de dollars<ref>Brown P, Ki M, Foxman B, Acute pyelonephritis among adults: cost of illness and considerations for the economic evaluation of therapy, Pharmacoeconomics, 2005;23:1123-1142</ref>.
Signes cliniques
La présentation clinique typique associe de façon inconstante des signes de cystite, des signes d'une atteinte du parenchyme rénal et des signes digestifs<ref name=spilf2014/>. Les signes de cystite associent de manière variable des sensations de brûlure ou des douleurs à la miction, une fréquence des mictions augmentée (pollakiurie), un besoin d'uriner pressant (impériosité mictionnelle) et la présence de sang dans les urines (hématurie)<ref name=spilf2014/>. Les signes d'atteinte parenchymateuse associent une fièvre, des frissons et une douleur de la fosse lombaire (lombalgie), typiquement unilatérale et irradiant en bas et en avant vers les organes génitaux<ref name=spilf2014/>. Les signes digestifs peuvent comprendre des vomissements, une diarrhée et une distension abdominale<ref name=spilf2014/>. Chez la femme enceinte, le côté droit est plus souvent touché<ref name=afssaps2008/>. Chez le jeune enfant ou le nourrisson, les signes urinaires et la douleur lombaire sont le plus souvent absents, et les seuls signes présentés peuvent être une fièvre isolée, des troubles digestifs ou une altération de l'état général<ref name=afssaps2007/>.
L'examen clinique peut retrouver une fièvre, un empâtement à la palpation de la région lombaire, une lombalgie provoquée à la palpation ou à la percussion, et un météorisme abdominal<ref name=spilf2014/>. Les formes frustes peuvent se présenter avec comme seuls signes d'atteinte parenchymateuse un fébricule et une lombalgie uniquement provoquée<ref name=spilf2014/>. C'est le signe de Giordano, qui consiste pour l'examinateur à poser une main au niveau d'une fosse lombaire et à la percuter avec son autre main, déclenchant alors une douleur exquise fortement évocatrice<ref>Fabrice Dugardin, Philippe Grise, Lexique d'Urologie 2009, 79 pages, Modèle:P.</ref>,<ref>Le signe de Giordano lire en ligne</ref>.
L'examen clinique doit également rechercher les signes de gravité que sont le sepsis grave (un critère parmi : hypotension artérielle, baisse de la saturation sanguine en oxygène, oligurie, confusion) et le choc septique (hypotension ou oligurie persistantes)<ref name=spilf2014/>.
Examens complémentaires
Examens urinaires
Les examens biologiques essentiels sont les examens d'urines : éventuellement une bandelette urinaire (BU), mais surtout un examen cytobactériologique des urines (ECBU)<ref name=spilf2014/>.
La bandelette urinaire est un examen rapide qui permet de détecter des leucocyte estérases (correspondant à la présence de leucocytes avec un seuil de 10⁴/mm³) et des nitrites (correspondant à la présence d'entérobactéries avec un seuil de 10⁵/mL) en quelques minutes<ref name=spilf2014/>. Chez la femme, lorsque la bandelette urinaire est négative pour les deux (en l'absence d'immunodépression grave), l'infection urinaire est peu probable, mais dans le cas inverse, aucune conclusion ne peut être faite<ref name=spilf2014/>. Chez l'homme à l'opposé, lorsque la bandelette urinaire est positive pour un des deux, l'infection est très probable, tandis que l'inverse n'oriente pas vraiment<ref name=spilf2014/>. Chez l'enfant la bandelette urinaire a la même valeur que chez la femme, sauf pour un âge inférieur à trois mois où elle a moins d'utilité<ref name=afssaps2007/>. Pour le cas des infections liées aux soins sur sondage vésical, la bandelette urinaire ne peut pas être utilisée<ref name=spilf2002/>.
L'examen cytobactériologique des urines est un examen de laboratoire qui permet de détecter des leucocytes et des bactéries tout en déterminant leur niveau de résistance aux antibiotiques. Il se déroule en deux temps : d'abord un examen direct qui peut être obtenu rapidement, puis une mise en culture qui peut nécessiter deux jours. L'examen direct permet de détecter des leucocytes et les quantifier ; il permet également de détecter des bactéries avec un seuil de détection correspondant à une valeur de 10⁵/mL et d'orienter vers le germe en cause<ref name=spilf2014/>. La culture permet de confirmer l'infection en précisant la quantité de bactéries, en identifiant l'espèce en cause et en déterminant son antibiogramme<ref name=spilf2014/>.
Les seuils de significativité sont pour la leucocyturie de 10⁴/mL et pour la bactériurie de 10³/mL pour toute bactérie chez l'homme et seulement pour Escherichia coli ou Staphylococcus saprophyticus chez la femme, et de 10⁴/mL pour toute autre bactérie chez la femme<ref name=spilf2014/>. Chez l'enfant le seuil classique de 10⁵/mL peut être proposé<ref name=afssaps2007/>. Pour le cas particulier des infections liées aux soins, au sujet de la bactériurie, seul le seuil de 10³/mL est retenu<ref name=ecnp2014/>.
Examens sanguins
La prise de sang n'est pas indispensable en cas de pyélonéphrite aiguë simple<ref name=spilf2014/>. En revanche, en cas de présence de facteurs de risque de complication ou surtout en cas de signe de gravité, une prise de sang est souhaitable<ref name=spilf2014/>. Les examens demandés peuvent comprendre le dosage de l'urée et de la créatinine (évaluation de la fonction rénale), la numération formule sanguine et le dosage de la CRP (recherche d'un syndrome inflammatoire, d'une thrombopénie) et l'hémoculture (recherche de bactériémie)<ref name=spilf2014/>. On peut rappeler ici que parmi les critères de sepsis grave (définissant la pyélonéphrite grave), certains sont évalués avec une prise de sang ; ils comprennent : un taux de lactate supérieur à 2 mmol/L, une pression partielle en oxygène artériel inférieure à 60 mmHg, un taux de créatinine supérieur à 177 μmol/L, un taux de plaquettes inférieur à 100 000/mm³, un TP inférieur à 50 %, un taux de bilirubine supérieur à 34 μmol/L<ref name=spilf2014/>.
Imagerie
Aucun examen d'imagerie n'est indispensable en cas de premier épisode de pyélonéphrite simple sans critère de gravité, sauf en cas de pyélonéphrite hyperalgique où une échographie rénale est souhaitable<ref name=spilf2014/>. En revanche, dans les cas de pyélonéphrite à risque de complication ou de pyélonéphrite grave, une imagerie telle qu'un uroscanner ou une échographie rénale en cas de contre-indication est à envisager<ref name=spilf2014/>.
L'échographie rénale permet de rechercher un obstacle ou une dilatation des voies urinaires, qui imposeraient un drainage en urgence<ref name=spilf2014/>. L'uroscanner permet de diagnostiquer un abcès rénal, une Modèle:Page h' péri-rénale ou un emphysème<ref name=spilf2014/>. Il est important de noter ici que lorsqu'un drainage urologique ou interventionnel est nécessaire, la pyélonéphrite doit être considérée comme étant grave et prise en charge comme tel, car le sepsis peut s'aggraver en péri-opératoire<ref name=spilf2014/>.
En cas de grossesse, un bilan du retentissement fœtal est préconisé<ref name=afssaps2008/>.
Dans les formes graves, un examen au scanner permet de mettre en évidence des zones d'hypodensité à base triangulaire externe (appelées signe de la flèche), qui sont pathognomoniques.
Traitement
La prise en charge de la pyélonéphrite aiguë a fait l'objet de la publication de recommandations internationales datant de 2011<ref>Gupta K, Hooton TM, Naber KG et al. International clinical practice guidelines for the treatment of acute uncomplicated cystitis and pyelonephritis in women: a 2010 update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for Microbiology and Infectious Diseases, Clin Infect Dis, 2011;52:e103-e120</ref>.
Modalités générales
Dans la plupart des cas de pyélonéphrite simple sans signe de gravité, le traitement peut se faire en ambulatoire<ref name=spilf2014/>. Les indications d'hospitalisation peuvent être : la forme hyperalgique, un doute diagnostique, des vomissements, des conditions socio-économiques défavorables, un doute concernant l'observance, la nécessité d'un traitement à prescription uniquement hospitalière (en cas de polyallergie)<ref name=spilf2014/>. Concernant les pyélonéphrites à risque de complication, les mêmes critères sont globalement valables<ref name=spilf2014/>. En revanche, en cas de forme grave (sepsis grave, choc septique ou nécessité de drainage), l'hospitalisation doit être systématique<ref name=spilf2014/>. Chez l'enfant, l'hospitalisation est également systématique pour un âge inférieur à 3 mois<ref name=afssaps2007/>. Dans le cas des pyélonéphrites liées aux soins et survenant sur sondage vésical, le changement de la sonde, voire son ablation, est indiqué<ref name=spilf2002/>.
Traitement anti-infectieux
Le but du traitement est de guérir l'infection en stérilisant le parenchyme rénal, et d'éviter les complications aiguës, les récidives ainsi que les lésions séquellaires<ref name=spilf2014/>. Une antibiothérapie probabiliste doit être entreprise une fois que les examens bactériologiques (examen cytobactériologique des urines, voire hémoculture) sont recueillis<ref name=spilf2014/>. Le spectre d'activité de cette antibiothérapie initiale est choisi selon la gravité de la pyélonéphrite ; il est préférablement plus large en cas de forme grave<ref name=spilf2014/>. La nature de l'antibiothérapie doit être réévaluée en fonction de l'évolution et des résultats de l'antibiogramme à 48 heures<ref name=spilf2014/>. Ainsi lorsque l'évolution est favorable, l'antibiothérapie peut en général être modifiée pour un traitement à spectre plus étroit, adapté au germe retrouvé<ref name=spilf2014/>.
En ce qui concerne l'antibiothérapie initiale, en l'absence de signe de gravité, et qu'il y ait ou non des facteurs de risque de complication, le choix peut se porter sur une céphalosporine de troisième génération (par ordre alphabétique : céfotaxime ou ceftriaxone) ou une fluoroquinolone (par ordre alphabétique : ciprofloxacine, lévofloxacine ou ofloxacine)<ref name=spilf2014/>. Cette dernière classe est à éviter en cas de traitement préalable dans les 6 mois précédents par une molécule de la même classe et, si le choix se porte sur une de ces molécules, la voie orale est à priviliégier<ref name=spilf2014/>. Chez la femme enceinte, seule une céphalosporine de troisième génération est à privilégier<ref name=afssaps2008/>. Il en est de même chez l'enfant<ref name=afssaps2007/>.
En cas de signe de gravité, l'antibiothérapie initiale est différente et la présence de facteurs de risque d'infection à entérobactérie productrice de bêta-lactamase à spectre étendu est à prendre en compte<ref name=spilf2014/>. Ainsi, quel que soit le cas, la classe des fluoroquinolones ne doit pas être employée et seule une bêta-lactamine est à considérer, et en outre, un aminoside doit être systématiquement ajouté. La conduite à tenir proposée est donc la suivante. En cas de sepsis grave ou de nécessité de drainage : dans la majorité des cas, traitement par céphalosporine de troisième génération (céfotaxime ou ceftriaxone) + aminoside (amikacine) ; en cas d'antécédent de colonisation ou d'infection urinaire à entérobactérie productrice de bêta-lactamase à spectre étendu dans les 6 derniers mois, traitement par carbapénème (imipénème ou méropénème) + aminoside (amikacine)<ref name=spilf2014/>. En cas de choc septique : en l'absence de facteur de risque, traitement par céphalosporine de troisième génération + aminoside ; en cas de présence d'au moins un facteur de risque (quel qu'il soit), traitement par carbapénème + aminoside<ref name=spilf2014/>.
Quelle que soit la gravité initiale de la pyélonéphrite, l'antibiothérapie doit être adaptée à l'antibiogramme obtenu à 48 heures, et le choix de l'antibiotique n'est pas influencé par la forme de la pyélonéphrite<ref name=spilf2014/>. Dans le cas général, les antibiotiques qui peuvent être administrés sont : une bêta-lactamine (par ordre alphabétique : amoxicilline, amoxicilline/acide clavulanique ou céfixime), une fluoroquinolone (par ordre alphabétique : ciprofloxacine, lévofloxacine ou ofloxacine) ou un sulfamide (cotrimoxazole)<ref name=spilf2014/>. Chez la femme enceinte, les mêmes traitements peuvent être utilisés à l'exception des fluoroquinolones<ref name=afssaps2008/>. Dans le cas particulier de l'homme, le traitement privilégié est une fluoroquinolone ou un sulfamide<ref name=spilf2014/>. En cas d'identification d'une entérobactérie productrice de bêta-lactamase à spectre étendu, les molécules préférentiellement choisies sont une fluoroquinolone ou un sulfamide<ref name=spilf2014/>. En cas d'identification d'une levure du genre Candida (cas des infections liées aux soins), le traitement de référence est le fluconazole<ref name=spilf2002/>. Chez l'enfant, les traitements de relais privilégiés sont le cotrimoxazole ou le céfixime<ref name=afssaps2007/>.
La durée totale de traitement est en principe de 10 à 14 jours<ref name=spilf2014/> même si une publication de 2021 tend à montrer qu'une antibiothérapie plus courte serait plus efficace dans la plupart des cas<ref>Modèle:Article</ref>. Dans la forme simple sans signe de gravité chez l'adulte, il est possible de réduire cette durée à 7 jours lorsque le traitement de relais choisi comporte une fluoroquinolone ou une bêta-lactamine injectable<ref name=spilf2014/>,<ref>{{#invoke:Langue|indicationDeLangue}} Sandberg T, Skoog G, Hermansson AB et al. « Ciprofloxacin for 7 days versus 14 days in women with acute pyelonephritis: a randomised, open-label and double-blind, placebo-controlled, non-inferiority trial » Lancet 2012:380: 484-490</ref>. À l'inverse, certains éléments peuvent inciter à une durée d'antibiothérapie prolongée, supérieure à 3 semaines : la présence d'un abcès rénal, ou le sexe masculin dans certaines situations<ref name=spilf2014/>.
Phagothérapie
Évolution
Dans la majorité des cas, l'évolution sous traitement adapté est favorable avec disparition de la fièvre et des signes urinaires en 72 heures<ref name=spilf2014/>. Dans cette situation, aucun examen complémentaire n'est en principe requis<ref name=spilf2014/>. C'est dans le cas de la femme enceinte qu'un contrôle de l'examen cytobactériologique des urines est systématique<ref name=afssaps2008/>. En cas d'évolution défavorable, avec notamment la persistance de la fièvre à 72 heures, et ce quelle que soit la forme de pyélonéphrite, un contrôle biologique (examen cytobactériologique des urines) et une imagerie (uroscanner) sont à envisager<ref name=spilf2014/>.
Les complications possibles sont une obstruction des voies urinaires avec insuffisance rénale, un abcès rénal, une pyélonéphrite emphysémateuse<ref>Ubee SS, McGlynn L, Fordham M, Emphysematous pyelonephritis, BJU Int, 2011;107:1474-1478</ref>.
La récidive est rare<ref name="Johnson 2018"/>.
