Le projet a débuté en 1991 et s'est achevé en 2018. Il a été constitué en majeure partie par la construction d'une nouvelle voie et dans le réemploi d'une grande partie de l'A72 construite dans les années 1970 et 1980.
L'autoroute a pris le numéro de la route nationale qu'elle longe, la route nationale 89, et s'impose en tant que transversale, comme une alternative (payante) à la Route Centre-Europe Atlantique.
De ce fait, elle déroge au système de numérotation régional mis en place dans les années 1970. En effet, Lyon fait partie de la zone 4 (autoroutes 40 à 49), Bordeaux fait partie de la zone 6 (autoroutes 60 à 69), Clermont-Ferrand de la zone 7 (autoroutes 70 à 79) et les autoroutes numérotées de 80 à 88 sont censées être dans la zone 8, qui correspond à la région Ouest (Bretagne, Normandie, Pays de la Loire).
Afin d'assurer la continuité du numéro, à la suite de l'ouverture de la section entre l'échangeur de Saint-Julien-Sancy et la bifurcation de Combronde début 2006, le tronc commun avec l'autoroute A71 porte désormais les deux dénominations (A71-A89), tandis que les autoroutes A710, et A72 entre Clermont-Ferrand et Balbigny, ont été renommées A89.
Cette autoroute transversale a été voulue comme un outil puissant de désenclavement du centre de la France, relié jusqu'alors uniquement à Paris, et de liaison plus rapide entre la deuxième et la sixième aire urbaine de France que sont Lyon et Bordeaux. Son nom commercial est de ce fait La Transeuropéenne. Elle est surnommée l'« Autoroute des présidents »<ref>Modèle:Lien web.</ref>,<ref>Modèle:Lien web.</ref> car elle traverse les fiefs de plusieurs présidents de la République, Valéry Giscard d'Estaing, Jacques Chirac et François Hollande, et elle passe à proximité de celui de Georges Pompidou. Compte tenu de la sensibilité environnementale du parc naturel régional des Volcans d'Auvergne et surtout de l'impact visuel d'un tel ouvrage, il a été choisi de ne pas traverser la chaîne des Puys en son plein milieu. À son approche, l'autoroute remonte donc franchement au nord pour contourner les volcans, privant ainsi Clermont-Ferrand d'un accès direct à l'autoroute par l'ouest.
Tronçons ouverts
L'autoroute A89 se décompose en plusieurs tronçons :
Un communiqué de la préfecture de la Corrèze, en date du Modèle:Date-<ref>Modèle:Lien web.</ref>, confirmait le prolongement de l'A89, au nord de Brive-la-Gaillarde, par la mise à Modèle:Dunité de la RD 9 à l'horizon 2012-2013, puis la mise à Modèle:Dunité de la section commune avec l'A20 en fonction de l'évolution du trafic routier. Cela signifiait l'abandon définitif du tronçon entre Saint-Germain-les-Vergnes et Brive-Nord qui faisait doublon avec l'A20.
Ce tronçon fut pourtant inscrit au schéma directeur national des infrastructures dans les années 1970, avant d'être abandonné en 1975 à la suite du choc pétrolier ; la section traversant les secteurs de la basse vallée de l'Azergues et du Beaujolais était contestée avec un territoire agricole et une forte influence urbaine (proximité de Villefranche-sur-Saône). Malgré le refus d'associations dont le comité de coordination contre l'autoroute dans l'aire d'appellation du Beaujolais (3CAB) qui préfère l'aménagement d'une route nationale à Modèle:Dunité, les études d'avant-projet sommaire eurent quand même lieu en 1997 ; l'enquête publique est lancée en Modèle:Date- et la commission d'enquête émet un avis favorable pour la réalisation de cette section d'autoroute. La procédure menant à la déclaration d'utilité publique n'est pas poursuivie selon un communiqué du Modèle:Date-, à la suite de difficultés environnementales telles que tenues dans le CIADT du Modèle:Date-. Le projet coûtait alors Modèle:Unité de francs<ref name="Geocarrefour2001" />. Vingt associations de riverains contre cette autoroute furent constituées entre 1987 et 1995<ref name="Geocarrefour2001" />. Ce tronçon, jusqu'à La Tour-de-Salvagny, est déclaré d'utilité publique le Modèle:Date<ref name="decret_20030417" />.
Sur ce tronçon, on trouve trois gares de péages (deux petites et une grande), la première (petite) se situe sur la commune de Joux et se nomme « Tarare-Centre ». Les deux autres se trouvent sur la commune de Saint-Romain-de-Popey, la plus petite se nomme « Tarare-Est » et la grande se nomme comme le nom de la commune « Saint-Romain-de-Popey ».
Le Modèle:Date-, les travaux pour la réalisation du barreau de liaison de l'A89 à La Tour-de-Salvagny avec l'A6 au niveau de Limonest, déclaré d'utilité publique un an plus tôt<ref name="decret_20150401" />, commencent<ref>Modèle:Lien web.</ref>. Ce barreau, ouvert le Modèle:Date-, permet d'assurer la continuité avec non seulement l'A6 mais aussi l'A46via le barreau autoroutier A466<ref>Modèle:Lien web.</ref>.
Antenne de Saint-Beauzire (liaison A71 – A89 pour le contournement nord de Clermont-Ferrand) - Modèle:Unité<ref group="Note">Dans une interview à France 3 Auvergne, le 27 juin 2007, selon le préfet du Puy-de-Dôme Dominique Schmitt, il n'y aura pas de projet autoroutier de contournement de Clermont-Ferrand mais une mise en 2×3 voies entre Gerzat et Pérignat-les-Sarliève. Par conséquent l'antenne de Saint-Beauzire est annulée à cause du caractère agricole de la Limagne. L'autoroute A71 est déjà à 2×3 voies entre Gerzat et la fin de l'A71 depuis le 10 juillet 2014.</ref>.
De plus, on peut observer qu'entre les sorties 35 et 38, les ouvrages d'arts (comme le viaduc de la Brévenne) et les terrassements ont été fait pour pouvoir élargir très facilement l'autoroute à 2x3 voies.
Modèle:Aire de service<ref group="Note">L'aire de repos du Chavanon est devenue une aire de service en juin 2014 avec l'implantation d'une station-service Avia et d'un restaurant Flunch. Jusqu'à présent il n'existait aucune aire de service entre celle de Corrèze et celle de Manzat. Aires</ref>
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