La plupart des spécialistes considèrent l’origine du nom Sequana comme incertaine et obscure. CertainsModèle:Qui y voient une erreur de transcription d'un ou de plusieurs mots celtiques différents. D'autresModèle:Qui un hydronyme préceltique, au motif que le groupe [kʷ] n'existe pas en celtique gaulois (et brittonique), où il a évolué en [p] (exemple : pinp[etos] « cinq[uième] » en gaulois<ref>Pierre-Yves Lambert, La langue gauloise, éditions Errance 1994, Modèle:P..</ref>, pimp en gallois, pemp en breton, par contre irlandais cinc, latin quinque > cinq, etc. —— ils procèdent tous de l'indo-européen *pénkʷe). Cependant, cette évolution a pu se produire postérieurement à l'attribution du nom Sequana par les premiers arrivants celtes : ceux-ci semblent en effet avoir parlé un « proto-celtique » où la mutation /kʷ/ > /p/ n'était pas encore réalisée, comme l'attestent certaines inscriptions celtibères retrouvées en Espagne.
Mais rien n'empêche une réinterprétation du nom en *se-ku-ana<ref>Pierre-Yves Lambert, op. cit., Modèle:P..</ref>. L'élément -ana est fréquent par ailleurs en hydronymie et en toponymie. Il apparaît sous la forme à l'accusatif anam dans le glossaire d'Endlicher<ref>De nominibus Gallicis, fondé sur des copies, dont la plus ancienne date de 796.</ref> ; il y est traduit par le latin paludem<ref name="pyl">Pierre-Yves Lambert, op. cit., Modèle:P..</ref> (accusatif de palus, -udis « étang, marais »). Le nom de l'Yonne contiendrait plutôt l'élément -onno (cf. onno donné pour flumen « cours d’eau, rivière, fleuve », lui aussi répandu, dans ce même glossaire). On peut douter de la celticité de ces deux termes, notamment du mot onno, utilisés pourtant en gaulois, semble-t-il<ref name="pyl" />.
Pour expliquer Sequana, Ernest Nègre a proposé un hypothétique thème préceltique *seikw « verser, couler, ruisseler » suivi du suffixe gaulois -ana<ref>Ernest Nègre, op. cit.</ref>. Une racine indo-européenne *seikʷ- de même signification a été conjecturée<ref>Modèle:Ouvrage.</ref>,<ref>Modèle:Ouvrage.</ref>.
Jacques Lacroix le fait dériver d'un radical (S)Ico- « eau »<ref>Jacques Lacroix, Les noms d'origine gauloise : la Gaule des combats, 2012, Modèle:P..</ref>. Albert Dauzat propose une racine hydronomique pré-celtique *sēc- (cf. Secalonia > Sologne, peut-être de *sec- « marécage »), dont des variantes figureraient dans d'autres hydronymes *seg-, *sac-/*sag-, *sic-/*sig-<ref>Modèle:Ouvrage.</ref>.
Selon Philippe Diffre et Charles Pomerol, l’hydronyme proviendrait du celte sin-ane, la lente rivière ou sôgh-ane, la paisible rivière<ref>Modèle:Ouvrage</ref>.
Les Vikings la nommaient Signa qui est encore son nom en islandais.
En Île-de-France et en Normandie, la faible déclivité de la vallée de la Seine a causé la formation de multiples et profonds méandres, parfois d'une très forte sinuosité sur plusieurs dizaines de kilomètres. Pour la même raison, les effets de la marée se font sentir sur une centaine de kilomètres, jusqu’au barrage de Poses et se manifestaient jusqu’à un passé récent, par le phénomène du mascaret, appelé barre en Normandie, et qui correspond à une brusque augmentation du niveau de l'eau induite par l'onde de la marée montante lors des grandes marées. Le phénomène et le mot ont été popularisés par le roman de Maurice Leblanc appartenant à la série des Arsène Lupin : La Barre-y-va.
Source
Modèle:Article détailléLes « sources officielles » de la Seine sont situées sur le territoire de la commune de Source-Seine, sur le plateau de Langres, à une altitude de Modèle:Nobr<ref>Modèle:Article.</ref>,<ref name="altsrc">D'après le repère de nivellement Z.C.R3-7 du service de géodésie et nivellement de l'IGN. L'altitude s'entend comme l'altitude normale dans le système IGN69 ; elle est exactement de Modèle:Unité pour un repère à Modèle:Unité du sol. Les coordonnées sont données dans le système WGS 84 et ont été obtenues par transformation depuis le système NTF en projection Lambert 2 grâce au logiciel Circé fourni par l'IGN.</ref>. Les sources de la Seine sont la propriété de la Ville de Paris depuis 1864<ref>Modèle:Lien web</ref>. Une grotte artificielle a été construite l'année suivante pour abriter la source principale et la statue d'une nymphe symbolisant le fleuve. Cependant, la capitale s'en est désintéressée et la parcelle devrait revenir à la région Bourgogne qui souhaite valoriser le site<ref>Modèle:Article.</ref>. Celui-ci abrite également les vestiges d'un temple gallo-romain (actuellement enfouis). Des objets témoignant du culte aux sources du fleuve (Dea Sequana) sont exposés au musée archéologique de Dijon.
Le bassin versant de la Seine, d'une superficie de Modèle:Unité<ref name="Hydro"/>, est quasi entièrement compris dans le Bassin parisien qui, d'un point de vue géologique, constitue un bassin sédimentaire affectant la forme d'une cuvette ouverte vers la Manche et l'Atlantique. Ce bassin est constitué par un empilement de formations géologiques à faible pente convergeant vers le centre et entre lesquelles s'intercalent d'importantes formations aquifères<ref>Modèle:Harvsp.</ref>. Le relief du bassin versant de la Seine ne s'élève généralement pas au-dessus de Modèle:Nobr, sauf sur sa marge sud-est dans le Morvan où il culmine à Modèle:Nobr (Haut-Folin). La modestie de l'altitude moyenne du bassin versant explique les faibles pentes des cours d'eau (entre 0,01 et Modèle:Unité pour Modèle:Nobr) qui coulent globalement vers le nord-ouest, en se frayant leur chemin à travers les cuestas faisant saillie à l'est du bassin puis en incisant les plateaux du centre de la région<ref>Modèle:Harvsp.</ref>.
Il est possible que la Loire ait rejoint au Miocène ou au Pliocène la Seine par le cours de l’actuel LoingModèle:Note. La Seine traversait alors une vaste pénéplaine de nature argileuse sous un climat subtropical. Il y a trois millions d'années, la région subit un refroidissement et un soulèvement dû à la poussée des chaînes pyrénéenne et alpine au sud. Les glaciations de l'ère quaternaire firent baisser le niveau des mers et océans, si bien que la Seine se jetait alors au large de la Bretagne actuelle (la Manche était la vallée du Rhin augmentée de la Meuse, de la Tamise et de la Somme, entre autres)<ref name="Chaib41">Jérôme Chaib, « Vallée de la Seine : entre naissance et renaissance », dans Études normandesModèle:N°, 2007 Modèle:ISSN, Modèle:P..</ref>. Cette période fut marquée par la migration des méandres du fleuve, encore visible en Normandie, et par une intense érosion rabotant les plateaux et formant des terrasses alluviales. L'aspect actuel de la Seine remonte à la fin de la dernière glaciation, vers Modèle:Référence nécessaire.
Le Bassin parisien connait un climat océanique avec un apport constant d'humidité véhiculé par les vents dominants d'ouest. La pluviométrie est comprise entre Modèle:Unité et Modèle:Unité dans les régions côtières, et elle s'abaisse jusqu'à Modèle:Unité dans les régions centrales faute de relief (altitude inférieure à Modèle:Unité en Île-de-France) avec un minimum dans la Beauce, pour remonter sur les marges orientales avec un maximum à Modèle:Unité dans le Morvan<ref>Modèle:Harvsp.</ref>. La Seine et trois de ses principaux affluents Modèle:Incise qui circulent dans des régions aux caractéristiques similaires (régime océanique, faible relief et géologie identique) partagent le même régime hydrographique avec un débit maximal en janvier et un minimum en août. Le Bassin parisien comprend neuf aquifères qui s'intercalent entre les différentes couches géologiques. Le réseau hydrographique est relié en différents points directement à l'aquifère la moins profonde : en fonction de la hauteur des eaux, elle alimente la Seine ou est alimentée par celle-ci. Enfin, la couche d'alluvions présente dans les vallées avec une épaisseur inférieure à Modèle:Nobr constitue une dixième formation aquifère très productive<ref>Modèle:Harvsp.</ref>.
Bien que la pluviométrie soit bien distribuée sur l'année, la Seine et ses affluents peuvent connaitre des périodes d'étiage sévère à la fin de l'été ou au contraire des crues importantes en hiver. Les crues sont de deux types : les crues rapides dans les parties amont du bassin à la suite de précipitations fortes et les crues lentes dans les vallées plus en aval qui font suite à des épisodes pluvieux prolongés<ref>Modèle:Harvsp.</ref>. Pour maîtriser les crues et les étiages, d'importants travaux de régulation ont été réalisés dans la partie supérieure du cours de la Seine et de ses affluents. Son débit moyen à Paris est d'environ Modèle:Unité/s et peut dépasser Modèle:Unité/s en période de crue. Quatre grands lacs-réservoirs ont été créés entre 1960 et 1990 sur la Seine (lac d'Orient), la Marne (lac du Der-Chantecoq), l'Aube (lac d'Amance et lac d'Auzon-Temple) et l'Yonne (lac de Pannecière agrandi qui alimentait déjà le canal du Nivernais dès le Modèle:S mini- siècleModèle:Vérification siècle). Ces lacs, qui constituent une réserve de 800 millions de mètres cubes, permettent à la fois d'écrêter les crues et d'assurer un débit minimum d'étiage. Ils sont gérés par un établissement public, l'Institution interdépartementale des barrages-réservoirs du bassin de la Seine.
En 1719, la sécheresse est si importante qu’à Paris, la Seine atteint son plus bas niveau historique (Modèle:Unité au-dessus du niveau de la mer), auquel correspond la cote zéro de l'échelle hydrométrique du pont de la Tournelle, autrefois utilisée pour mesurer la crue de la Seine. A cause de cela, une vague de dysenterie se déploie et provoque des milliers de morts<ref>Modèle:Lien web</ref>.
À Paris, les crues sont mesurées depuis 1876 par une l'échelle hydrométrique installée au pont d'Austerlitz. Néanmoins, c'est la statue du zouave du pont de l'Alma qui reste l'indicateur le plus populaire, bien que cette mesure soit peu fiable : les travaux du pont de l'Alma effectués dans les années 1970 ont surélevé la statue, rendant ainsi impossibles les comparaisons pré- et post- travaux. Au cours de la [[Crue de la Seine de 1910|crue de Modèle:Date-]], l'eau a atteint sur cette échelle la hauteur record de Modèle:Unité.
Si les crues centennales sont redoutées, le réchauffement climatique conduit inversement à envisager plusieurs hypothèses de baisse du débit du fleuve, comme le montrent les travaux du GIEC. Ainsi, dans l'hypothèse d'une hausse des températures de Modèle:Nobr d'ici 2100, le débit serait réduit de 5 % en hiver et de 10 % en été. En cas de hausse des températures de Modèle:Nobr, le débit global chuterait de 30 % avec des valeurs entre 20 % et 40 % en période estivale. Ces scénarios impliquent une diminution de l'approvisionnement des nappes phréatiques et aurait aussi pour conséquence une plus forte pollution des eaux car Modèle:Citation<ref>Modèle:Lien web.</ref>.
À la fin du mois de Modèle:Date-, la Seine connaît une nouvelle forte crue, dont le niveau culminant est atteint dans la nuit du 28 au 29 janvier, à Modèle:Unité.
Modèle:Article détaillé
Voici une liste des principaux affluents (longueur<ref name=sandre/> supérieure à Modèle:Unité, ou bassin versant<ref name="Hydro"/> supérieur à Modèle:Unité ou débit<ref name="Hydro"/> moyen (module) supérieur à Modèle:Unité connu au plus proche du confluent) directs de la Seine et situés avec leur confluent par la distance (km) avec la limite Ouest de l'estuaire de la SeineModèle:Coord<ref name=sandre/> selon son écoulement à l'aval, par l'altitude (m) (du plan d'eau en débit moyen, estimé au mieux d'après carte topographique), par la rive, par le nom du département (amont si limite interdépartementale), par la commune de la pointe de confluence, par les coordonnées puis avec les 3 données comparables pour la Seine (juste à l'amont du confluent) :
Modèle:Méta bandeau d'avertissement{{#ifeq:||{{#if:1||{{#if:juin 2025||}}}}}}
Si le cours d'eau sortant d'une confluence portait exclusivement le nom de celui qui y était entré avec le plus fort débit annuel (module), le fleuve traversant la région parisienne ne serait pas la Seine, mais l'Yonne<ref>Modèle:Ouvrage.</ref>. En effet, celle-ci a, à Montereau-Fault-Yonne, un débit et bassin versant supérieurs<ref name="Hydro"/> à ceux de la Seine : respectivement Modèle:Unité/s et près de Modèle:Unité pour l'Yonne, et Modèle:Unité/s et Modèle:Unité pour la Seine<ref>Service de Prévision des Crues : Seine moyenne-Yonne-Loing.</ref>. La même inexactitude se reproduit d'ailleurs en amont : le bassin versant de l'Aube s'étend sur Modèle:Unité, et son débit s'élève à Modèle:Unité/s, contre Modèle:Unité et Modèle:Unité/s pour la Seine. D'un point de vue strictement hydrographique, la Seine est donc un sous-affluent de l'Yonne par l'Aube. Des raisons culturelles et historiques ont empêché la correction de cette erreur<ref>[1] Service de Prévision des Crues : Seine amont-Marne amont.</ref>,<ref>Modèle:Ouvrage.</ref> ; un quiproquo que l'on rencontre aussi entre la Saône et le Doubs. Cela peut s'expliquer (ce n'est qu'une hypothèse) par la considération de la Seine comme un axe commercial reliant l'axe Saône-Rhône, donc la Méditerranée à la Manche, cela à une époque où l'on avait pas les moyens de calculer les débits moyens ni les surfaces des bassins versants (il est même probable que l'on s'en moquait, l'important étant qu'il y ait assez d'eau pour porter les bateaux). L'Yonne, perdue dans son Morvan, ne pouvait faire partie intégrante de cet axe commercial. Néanmoins, Modèle:Citation. En revanche, le Modèle:Citation Seine-Aube s'explique moins.
La Seine maritime ainsi qu'une partie de la basse-Seine sont soumises au régime des marées, qui remontent jusqu'au barrage de Poses dans l'Eure<ref>Barrage de Poses.</ref> (Modèle:Unité de marnage). On pouvait encore observer jusque dans les années 1960<ref>Modèle:Ouvrage.</ref> une imposante vague qui pouvait atteindre Modèle:Unité au moment des grandes marées et qu'on appelle mascaret, plus localement barre. Le phénomène atteignait son maximum à Caudebec-en-Caux, à mi-distance environ entre Le Havre et Rouen. Il a pratiquement disparu à la suite des aménagements apportés au fleuve (dragage, endiguement et modification de l'estuaire).
La plus ancienne crue de la Seine, relatée dans les textes anciens, est celle de l'hiver 358, décrite par Julien, qui se trouvait alors à Lutèce, dans son Misopogon<ref name="CS">Charlotte Lacour-Veyranne, Les colères de la Seine, Éd. Paris-Musées, 1994 Modèle:ISBN.</ref>.
Dès 841, les Vikings remontent la Seine, pillent la Neustrie, incendient Rouen et plus tard assiègent Paris. Ils s'installent de façon permanente dans l'embouchure de la Seine vers 896, puis dans les îles aux environs de Rouen, comme celle de Thorholm (Oissel - Tourville-la-Rivière). À partir du traité de Saint-Clair-sur-Epte en 911, le duché de Normandie est reconnu par le roi de France Modèle:Souverain2. Sa limite est un petit affluent de rive droite de la Seine, l'Epte (sur laquelle s'installera le peintre Claude Monet). On note également que presque toutes les trouvailles archéologiques d'objets liés aux Vikings ont été effectuées directement dans le fleuve ou à quelques kilomètres de celui-ci dans la partie normande du fleuve, à savoir : des épées (découvertes dans la partie normande de la Seine, au cours de dragages, et déposées au musée des antiquités nationales de Saint-Germain-en-Laye et au musée des Antiquités de Rouen), ainsi que des haches danoises et des fers de lance, les bijoux féminins de la tombe viking de Pîtres (Eure, en bord de Seine), les deux marteaux de Thor de Saint-Pierre-de-Varengeville (Seine-Maritime, à Modèle:Unité de la Seine) et de Sahurs (dans un champ en bord de Seine) et enfin le trésor de monnaies vikings de Saint-Pierre-des-Fleurs (Eure, à Modèle:Unité de la Seine). Les Vikings ont aussi laissé des mots dans la langue française, comme "bord" qui signifie "planche", ainsi que des savoir-faire, notamment dans le domaine nautique, comme l'assemblage "à clins".
En 1517, le port du Havre est construit par Modèle:Souverain2, c'est le plus grand port de France. La taille de la zone industrialo-portuaire équivaut à celle de la ville de Paris.
À partir de 1830 commence l'aménagement de la Seine par la construction de barrages et d'écluses.
À partir de 1850, ces travaux s'accompagnent de dragages du lit du fleuve, ce qui permet d'augmenter fortement le mouillage et en conséquence le tirant d'eau admissible (un peu moins de Modèle:Unité en mortes-eaux)<ref>Modèle:Lien web</ref>.
Le Modèle:Date-, Léopoldine Hugo, fille de Victor Hugo et son époux, Charles Vacquerie, se noient dans la Seine à Villequier (Seine-Maritime) à la suite du chavirage de leur canot à voile, celui-ci étant insuffisamment lesté devant un coup de vent brusque et soudain. Victor Hugo en concevra le poème "Demain dès l'aube".
En 1900, l'État et les collectivités y installent des installations d’eau potable, des ouvrages hydrauliques, des systèmes de gestion des eaux usées (en améliorant notamment le système des égouts de Paris, avec des usines de relevage des eaux usées, de vastes champs d’épandage<ref>Bernard Vedry, Balade écologique au fil de la Seine en 1900, 2015 Modèle:ISBN, Modèle:Nb p.</ref>.
En mai et tout début Modèle:Date, plusieurs vagues de bombardements alliés, préparant le débarquement de Normandie, visent de nombreux points stratégiques, notamment les ponts situés entre Paris et la mer, tous atteints et pour la très grande majorité détruits. Dans la nuit du 19 au Modèle:Date-, des éléments avancés de l'armée américaine franchissent la Seine pour la première fois en empruntant le barrage de Méricourt. Par la suite, un pont de bateaux installé à Rosny-sur-Seine permet d'établir une tête de pont sur la rive droite. En revanche, les Allemands de la [[7e armée (Allemagne)|Modèle:7e]], rescapés de la poche de Falaise, éprouvent de grandes difficultés à traverser la Seine à Rouen avec leur matériel, les deux ponts ayant été détruits par la R.A.F. Cette Modèle:7e est mise à mal fin août sur les quais rive-gauche par les bombardements alliés, puis l'armée canadienne franchit la Seine le Modèle:Date-
Au printemps 2001, de fortes crues de la Somme déclenchent une rumeur relayée par les médias et les élus qui accusent les Parisiens d'avoir détourné la Seine en crue vers la Somme pour épargner Paris.
Le Modèle:Date-, la mairie de Paris annonce que le projet de cérémonie d’ouverture des Jeux de Paris en 2024 se tiendra sur des bateaux qui navigueront le long de la Seine. Des milliers d’athlètes olympiques y prendront place afin d'honorer le début des Jeux de Paris. Certains détails rendus publics dévoilent l'utilisation de la Ville Lumière, sa culture et son peuple comme acteurs essentiels des Jeux olympiques<ref>Modèle:Lien web</ref>.
: « Haute Seine » de Montereau-Fault-Yonne à Paris<ref group="N">Attention ! Pour les canoë-kayakistes, la « haute Seine », c'est plutôt en amont de Troyes !</ref> ;
La basse Seine, au sens maritime du terme, c'est-à-dire à partir de la mer jusqu'au pont Guillaume-le-Conquérant à Rouen est accessible aux navires de haute mer (jusqu’à Modèle:Unité de long et Modèle:Unité). Sur cette partie du fleuve, longue d'environ Modèle:Unité, les quatre seuls ponts existants (le pont de Normandie, le pont de Tancarville, le pont de Brotonne et le pont levantGustave-Flaubert) offrent un tirant d'air de Modèle:Nobr et le fleuve est constamment dragué pour permettre aux bateaux ayant un tirant d'eau de Modèle:Nobr de circuler. Compte tenu du nombre limité de ponts, plusieurs bacs permettent également de traverser le fleuve. Les installations portuaires y relèvent de l'autorité du grand port maritime de Rouen. Celui-ci, cinquième port maritime français avec environ 25 millions de tonnes de marchandises embarquées et débarquées [Par quelle durée de temps ? En un an ?], est spécialisé dans le trafic de céréales, engrais et produits pétroliers. Ses installations s'échelonnent le long du fleuve sur Modèle:Unité de l'agglomération de Rouen jusqu'à Honfleur.
À Paris, existe un trafic de voyageurs, principalement touristique (bateaux-mouches), mais aussi une tentative d'utiliser la Seine pour les déplacements quotidiens (Batobus). Des navettes circulent régulièrement entre la tour Eiffel et le Jardin des plantes ; toutefois, ce service semble intéresser davantage les touristes que les Parisiens, créant ainsi une concurrence gênante pour les bateaux-mouches. Un autre service voyageur (Voguéo) a également été expérimenté entre la gare d'Austerlitz et Maisons-Alfort (sur la Marne) entre 2008 et 2011<ref>Modèle:Article.</ref>.
Curieusement en revanche, de tous les cours d'eau importants de son chevelu, la Seine est, avec l'Aube, le seul qui finisse en impasse en amont, ne rejoignant aucune autre région. Alors que par l'Oise on rejoint la Belgique et les Ardennes, par la Marne la Lorraine, l'Alsace, l'Allemagne et la Bourgogne, par le Loing la vallée de la Loire (et, par le canal du Centre, l'axe Saône-Rhône), et par l'Yonne la même vallée de la Loire ainsi que l'axe Saône-Rhône, la Seine va s'effilochant en amont de Nogent : presque abandonnée de Nogent à Marcilly, canal de la haute Seine déclassé jusqu'à Barberey-Saint-Sulpice ainsi que l'Aube jusqu'à Arcis, et aliéné de Barberey à Bar-sur-Seine où l'on n'en voit plus que quelques vestiges (écluses et maisons éclusières, parfois la cuvette du canal comme à Virey-sous-Bar).
Le Modèle:Date-, à hauteur du barrage de Suresnes en région parisienne, un saumon de Modèle:Unité<ref>Modèle:Lien web</ref> a été pêché pour la première fois depuis 70 ans à un point aussi éloigné en amont sur la Seine. Des chercheurs de l'Institut National de la Recherche Agronomique - INRA (en collaboration avec l'ONEMA et le CEMAGREF) ont été sollicités pour confirmer la présence de l'espèce sur la Seine<ref>Analyser le retour du saumon dans la Seine : quels enseignements pour la gestion des rivières ?, Modèle:Date-, Fiche de Presse Info. disponible en ligne sur le site web de l'INRA.</ref>. Les résultats de l'étude, publiés en Modèle:Date-, montrent que les saumons pêchés dans la Seine ont des origines diverses. Aucun poisson issu d'élevage n'a officiellement été introduit dans la Seine depuis 1895, contrairement à ce qui a été fait dans d'autres bassins où des espèces avaient disparu.
Certains marais naturels des bords de Seine ont été revalorisés et remis en état dans le but de favoriser la faune et la flore, comme à Hénouville, Mesnil-sous-Jumièges ou au Trait.
La qualité microbiologique de l'eau de la Seine fait l'objet d'un suivi. Un bilan a été publié en 2016 dans la perspective de la baignade dans la Seine (il est interdit depuis un arrêt préfectoral de 1923 de se baigner dans le fleuve<ref>Barthélémy Gaillard, « Quels sont les risques d'une baignade dans la Seine ? », europe1.fr, Modèle:Date-.</ref>) et la Marne et d'épreuves olympiques aquatiques en 2024<ref>Collectif coordonné par Vincent Rocher et Sam Azimi, Qualité microbiologique des eaux en agglomération parisienne, Édition Quæ, 2017, Modèle:Nb p.Modèle:ISBN (bilan des connaissances acquises sur la contamination microbiologique des eaux de la Seine et de la Marne en 15 ans par le SIAAP et ses partenaires ; des données sur les transferts de contaminants du réseau d'assainissement aux stations d'épuration puis au fleuve y figurent aussi).</ref>.
Pour assainir la baignade en cas d'orage et éviter les bactéries, la Ville de Paris, la région de Paris et l’État ont investit environ un milliard d'euros dans des travaux de récupération des eaux des bateaux, de retenue des eaux d'orage et dans les stations d'épuration. Le « comité Seine » et le Conseil départemental du Val-de-Marne ont également souhaité vérifier les branchements chez les particuliers<ref>Se baigner dans la Seine en 2024 ... Le Figaro, 18 juin 2018</ref>.
Menaces et protections
Fichier:LeHavreEO.JPGLa situation dans le domaine de la pollution s'est améliorée depuis la fin des années 1960 mais la Seine est toujours le fleuve le plus pollué d'Europe aux PCB (Le Havre et la baie de Seine, image NASA).
Le bassin de la Seine concentre 40 % de la production industrielle française et l'agriculture intensive occupe 60 % de la surface du bassin, avec pour résultat un fleuve dont le débit est parfois à moitié constitué d'eaux usées<ref name="unesco bassin">{{#invoke:Langue|indicationDeLangue}} World Water Assessment Programme: Seine-Normandy Basin (France), UNESCO, 2001.</ref>. Au début des années 1960, les scientifiques considèrent la Seine comme presque biologiquement morte, seules trois espèces de poissons sur les 32 normalement présentes, indigènes ou non, étant parfois aperçues<ref name="unesco bassin"/>.
La loi sur l'eau de 1964 permet un redressement de l'écosystème des eaux de la Seine, complétée par la loi sur l'eau du 3 janvier 1992. Des indicateurs de pollution sont créés et une aide financière et technique est proposée aux municipalités, aux agriculteurs et aux industriels. De 1991 à 2001, 10 milliards d'euros, dont 5,6 milliards par l'État, sont investis dans des infrastructures, dont 500 stations d'épuration<ref name="unesco bassin"/>.
En résultat, la qualité des eaux s'améliore de manière continue, surtout à Paris, qui abrite aujourd'hui vingt espèces endémiques de poissons. Cependant les taux en azote sont toujours trop élevés, 66 % de la pollution provenant de l'agriculture, et la pollution par les nitrates et pesticides augmente, là aussi à cause de l'agriculture. Une autre pollution est liée aux eaux de pluie qui entraînent des polluants des zones urbaines : celles de Paris représentent à elles seules l'équivalent de tous les rejets des autres municipalités du bassin<ref name="unesco bassin"/>.
La Seine a fait l'objet d'une pollution au plutonium 239 en 1961 et au plutonium 238 en 1975. L'origine en est connue puisque la pollution est issue des installations du CEA à Fontenay-aux-Roses<ref>ASN Radionucléies artificiels dans les dépôts sédimentaires de la Seine.</ref>. Selon l'Autorité sanitaire nucélaire - ASN le risque sanitaire est toutefois quasi nul.
La Seine est le fleuve européen le plus pollué aux polychlorobiphényle (PCB) depuis vingt ans. Toxiques, les PCB s'accumulent dans les lipides tout le long de la chaîne alimentaire<ref name="Pnorman baie">« PCB : les poissons de la baie de Seine touchés par la pollution », Paris Normandie, Modèle:Date-extrait.</ref>. D'après des analyses effectuées par l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) depuis 2008, 70 % des espèces de poissons sont impropres à la consommation à cause d'une contamination aux PCB. L'usage des PCB est interdit depuis 1987 mais, très utilisés dans les années 1970, ils se sont accumulés dans l'environnement. L'association Robin des Bois dénonce une absence de réglementation au niveau de la pêche afin de protéger la population d'une consommation à Paris, dans le Val-de-Marne, les Hauts-de-Seine et les Yvelines<ref name="20mn PCB">« Eaux : alerte à la pollution dans la Seine, 70 % des poissons contaminés », 20 minutes, Modèle:Date-.</ref>. Cette pollution aux PCB est étendue jusqu'à la baie de Seine où la pêche à la sardine est interdite en 2010<ref name="Pnorman baie"/>.
En 2010, la Seine est touchée par une pollution de rondelles en plastique, pollution accidentelle, limitée et non dangereuse selon les autorités, provenant d'une station d'épuration<ref>Sophie Verney-Caillat, « Embarras autour d'une pollution au plastique dans la Seine », Rue89, Modèle:Date-.</ref>.
Dans L'Éducation sentimentale (1869), Gustave Flaubert utilise la Seine comme métaphore de l'écoulement linéaire du temps, le symbole du déroulement narratif. Lorsque la Seine coule, c'est qu'il ne se passe rien, mais c'est également le temps qui passe. Elle est l'une des notions-clés dans la conception de cette œuvre en tant qu'anti-roman.
De nombreux poètes, français et francophones, ont chanté la Seine : Chanson de la Seine de Jacques Prévert ; Le Pont Mirabeau de Guillaume Apollinaire ; La Seine de Louis Aragon ou encore Aux bords de la Seine de Carlos Alvarado-Larroucau.
François Beaudouin, Paris-sur-Seine, ville fluviale. Éditions de la Martinière, 1993 Modèle:ISBN. (François Beaudouin est le fondateur du musée de la batellerie de Conflans-Sainte-Honorine et en a été le conservateur jusqu'en 1994)
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